建立健全市重點實驗室定期績效評估指標體系。市重點實驗室投入運行后，實行動態管理。學科類市重點實驗室重點評估其研究水平與貢獻、科研隊伍建設與人才培養、開放交流與運行管理等方面的情況；企業類市重點實驗室重點評估其引領區域和行業技術進步、共性關鍵技術研究、科研成果產業化、產學研結合等方面的情況。對市重點實驗室工作進行定期績效評估，兩年為一個評估周期，對市重點實驗室評估期內整體運行發展情況進行綜合評價。市科技局根據市重點實驗室評估情況，確定優秀、良好、整改和未通過評估等4個評估結果等次。評估結果為未通過評估的取消其重點實驗室資格。評估工作本著“公開、公平、公正”和堅持“依靠專家、發揚民主、實事求是、公正合理”的原則進行。
市重點實驗室有下列情況之一的，市科技局視情節輕重予以通報批評或取消其重點實驗室資格。
（一）在市重點實驗室申報或評估工作中有嚴重弄虛作假，或存在學術不端行為的；
（二）管理不善、階段性工作不能正常進行，按照市科技局或主管部門要求整改后仍不達標的；
（三）無故不接受市科技局或主管部門檢查、監督和評估的；
（四）主要科研人員離開依托單位或合作關系發生重大變化，無法繼續建設運行的；
（五）依托單位發生重大變故或因其他不可抗拒因素，造成市重點實驗室無法繼續建設運行的。