（一）企業(yè)申請
企業(yè)對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”注冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料：
高新技術企業(yè)認定申請書；證明企業(yè)依法成立的相關注冊登記證件；知識產(chǎn)權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發(fā)的組織管理等相關材料；企業(yè)高新技術產(chǎn)品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產(chǎn)批文、認證認可和相關資質證書、產(chǎn)品質量檢驗報告等相關材料；企業(yè)職工和科技人員情況說明材料；經(jīng)具有資質的中介機構出具的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術產(chǎn)品（服務）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料；經(jīng)具有資質的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書）；近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表。
（二）專家評審
認定機構應在符合評審要求的專家中，隨機抽取組成專家組。專家組對企業(yè)申報材料進行評審，提出評審意見。
（三）審查認定
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業(yè)進行綜合審查，提出認定意見并報領導小組辦公室。認定企業(yè)由領導小組辦公室在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公示 10 個工作日，無異議的，予以備案，并在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”公告，由認定機構向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術企業(yè)證書”；有異議的，由認定機構進行核實處理。
第十三條 企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，應每年 5 月底前在 “高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。
第十四條 對于涉密企業(yè)，按照國家有關保密工作規(guī)定，在確保涉密信息安全的前提下，按認定工作程序組織認定。